有給休暇の給与計算はどうする？3つの支払方法とメリットを解説

2025年12月19日2025年12月30日

有休を取った日の給料、
「なんとなく通常どおり払っている」
そんな会社も多いのではないでしょうか。

実は、有休の給与計算には
法律で認められた3つの方法があり、
計算方法を間違えるとトラブルにつながることもあります。

この記事では、
有休の給与計算の基本と実務で迷いやすいポイントをシンプルに整理します。

❓ よくある疑問

有休の日は、残業代を除いた「基本給」だけでいいの？
時給制のパートさんの場合、計算はどう変わる？
標準報酬月額で計算するって聞いたけど、本当？

現場では「とりあえず1日分」と処理されがちですが、実はルールが決まっています。
結論からシンプルにまとめます。

結論：有休手当の決め方は「3つのルール」のいずれかから選ぶ

有休の日の給与計算には、法律で認められた以下の3つの方法があります。

所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金（一般的）
平均賃金
健康保険の標準報酬日額（労使協定が必要）

中小企業の多くは「1」を採用しています。 会社ごとにどのルールを使うか、就業規則で定めておく必要があります。

なぜ計算方法が分かれている？法律で認められた3つの算出根拠と使い分け

労働基準法では、有休期間中について「平均賃金」または「所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金」を支払わなければならないと定めています。

このルールの目的は、「有休を取ることで、給料が大幅に減って損をしないようにするため」です。

もし、有休を取った日の給料が極端に低くなってしまったら、従業員は安心して休めませんよね。そのため、基本的には「出勤したときと同じ水準」をキープするようになっています。

実務での選択基準：自社に最適な「有休の支払方式」を見極めるポイント

それぞれの方法を、現場目線で解説します。

① 通常の賃金（おすすめ）

一番わかりやすく、トラブルが少ない方法です。「その日に、もし普通に働いていたらもらえたはずの給料」を支払います。

月給制の場合： 欠勤控除をしない（＝月給をそのまま払う）だけで完了です。
時給制の場合： 時給 × その日の契約時間（所定労働時間）で計算します。

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② 平均賃金

過去3ヶ月間の給与実績から算出した「1日あたりの平均額」を払う方法です。残業が多い職場などは「通常の賃金」より低くなる傾向があるため、コストを抑えられる場合がありますが、計算が非常に面倒です。

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③ 標準報酬日額

社会保険料の計算に使う「標準報酬月額」を30で割った金額を払う方法です。これを行うには、労働者代表との「労使協定」が必要です。また、実際の給与額と差が出やすいため、あまり一般的ではありません。

具体例で比較！「通常の賃金」と「平均賃金」で支払額はどう変わる？

🧮 計算例①：月給制（フルタイム）

条件
• 月給：300,000円
• 所定労働日数：20日
• 有休取得日数：1日

計算方法（通常の賃金）

月給制の場合、有休を取っても
月給は減額されません。

支給額
• 月給：300,000円（そのまま）

👉 欠勤とは違い、控除しないのがポイント。

⸻

🧮 計算例②：時給制（パート・アルバイト）

条件
• 時給：1,200円
• 1日の所定労働時間：5時間
• 有休取得日数：1日

計算方法（通常の賃金）

時給 × 所定労働時間

支給額
• 1,200円 × 5時間＝ 6,000円

👉 実際に働いていなくても
働いたものとして支給します。

⸻

🧮 計算例③：シフト制（勤務日数が毎月違う）

条件
• 時給：1,100円
• 直近3か月の平均所定労働時間：1日6時間
• 有休取得日数：1日

計算方法

通常予定していた労働時間で計算
（または就業規則で定めた方法）

支給額
• 1,100円 × 6時間＝ 6,600円

👉 シフト制の場合は
「何時間分として扱うか」を
あらかじめ決めておくことが重要です。

現場の本音：給与ソフトの連携や事務負担から考える「おすすめの運用法」

有休の給与計算は、
人数が少ないうちは手計算やExcelでも対応できます。

ただし、
・付与日数
・残日数
・取得日
・給与計算

をすべて手作業で管理していると、
計算ミスや付与漏れが起きやすくなります。

そのため、最近では
有休管理と給与計算を自動で連動できる
勤怠管理・給与計算ソフトを使う会社も増えています。

ここが落とし穴！計算方法を変更する際の「就業規則」と「不利益変更」の注意点

「手当」を外さない 「通常の賃金」で計算する場合、役職手当などの固定手当も、その日は出勤したものとして含めて計算するのが原則です。
パートさんの時間に注意 時給制のパートさんで、「月曜は4時間、水曜は8時間」など曜日で時間が違う場合。水曜に有休を取ったら、8時間分を支払う必要があります。
就業規則に記載があるか どの方法を採用するかは、必ず就業規則に明記してください。記載がないのに勝手に「平均賃金」で安く計算することはできません。